Yliopistokoulutuksesta Seinäjoella vastaavat
Seinäjoen yliopistokeskus, johon kuuluvat Tampereen, Helsingin ja Vaasan yliopistot, Sibelius-Akatemia sekä Tampereen teknillinen yliopisto. Nämä sekä mittava joukko alueen kehittäjäorganisaatioita ja yrityksiä muodostavat Etelä-Pohjanmaalla toimivan suomalaisten korkeakoulujen yhteistyöverkoston
Epanetin. Sen tavoitteena on vahvistaa maakunnan tutkijoiden ja kehittämistyötä tekevien ammattilaisten yhteisöä, ja alueen tutkimustoimintaa.
Seinäjoen ammattikorkeakoulussa opintojaan suorittaa lähes 5000 opiskelijaa viidessä eri yksikössä, kuudella eri alalla ja 20 koulutusohjelmassa. Lisäksi valittavana on monipuolinen aikuiskoulutustarjonta, sekä useiden koulutusohjelmien englanninkieliset linjat.