För universitetsutbildningen i Seinäjoki regionen svarar
Seinäjoen yliopistokeskus. Till centret hör universiteten i Tammerfors, Helsingfors och Vasa, Sibelius-Akademin samt Tammerfors tekniska högskola. Dessa, samt en stor mängd utvecklingsorganisationer och företag i regionen, bildar tillsammans det samarbetsnätverk för finska högskolor,
Epanet, som verkar i Syd-Österbotten. Nätverket har som mål att stärka samarbetet mellan forskare och andra yrkesmänniskor som bedriver utvecklingsarbete i regionen, och forskningsverksamheten i regionen som sådan.
Vid
Seinäjoki yrkeshögskola studerar nästan 5 000 studerande vid fem olika enheter, inom sex olika områden och 20 olika utbildningsprogram. Dessutom finns det ett stort utbud av vuxenutbildning, samt ett antal engelskspråkiga linjer inom många utbildningsprogram.